Diplômé de l'IDHEC, Jean-Pierre Améris retourne dans sa ville natale, Lyon, pour y réaliser en 1987 trois courts métrages, parmi lesquels Intérim, qui lui vaudra l'année suivante le Grand Prix du Festival de Clermont-Ferrand. C'est en 1992 qu'il met en scène son premier long, Le Bateau de mariage, l'histoire d'un instituteur sous l'Occupation. Le film est sélectionné dans plusieurs festivals internationaux, et obtient, entre autres, le Prix de la jeunesse au Festival de Tübingen.

Jean-Pierre Améris alterne ensuite entre fictions et documentaires, avant de livrer Les Aveux de l'innocent, primé plusieurs fois au Festival de Cannes en 1996 : Prix de la Semaine de la critique, Prix de la Jeunesse et Grand Rail d'or. Deux ans plus tard, Maud Forget et Robinson Stévenin sont les interprètes principaux de ses Mauvaises fréquentations, Prix de la Mise en scène au Festival de San Sebastian.

Les centres de soins palliatifs et les clubs de boxe servent de décors à ses deux films suivants : C'est la vie (2001) avec Sandrine Bonnaire et Jacques Dutronc, et Poids léger (2003), l'adaptation d'un roman d'Olivier Adam dans laquelle évoluent Nicolas Duvauchelle et Bernard Campan. Après avoir un temps songé à transposer sur grand écran La Cicatrice de Bruce Lowry, Jean-Pierre Améris jette son dévolu sur l'ouvrage d'Anne Wiazemsky, Je m'appelle Elisabeth, pour évoquer un thème qui lui est cher : l'enfance.

Benoît Poelvoorde et Isabelle Carré sont deux timides maladifs sous sa caméra dans Les Emotifs anonymes, qu'il signe en 2010 après un téléfilm, La Joie de vivre, porté par Anaïs Demoustier. Par la suite, le cinéaste s’essaye au mélodrame en adaptant le roman philosophique de Victor Hugo, L'Homme qui rit, où il dirige un casting prestigieux avec notamment Gérard Depardieu et Emmanuelle Seigner. Le film est présenté à la Mostra de Venise. 

Après quoi, le metteur en scène réalise un nouveau film d'époque en plongeant dans la fin du 19ème siècle avec Marie Heurtin, où une religieuse malade tente d'insérer dans la société, une jeune fille sourde et aveugle. A cette occasion, il dirige à nouveau Isabelle Carré. Améris célèbre en 2015 ses retrouvailles avec Benoît Poelvoorde à l'occasion d'Une Famille à louer, une comédie très stylisée, proche du conte social, où un homme pessimiste, à son image, décide de fonder une famille.

En 2017, le cinéaste réalise Je vais mieux, adapté du roman de David Foenkinos et emmené par Éric Elmosnino. Trois ans après, il signe Profession du père, où Poelvoorde campe une fois de plus un personnage dans l’excès. Il poursuit avec Les Folies fermières, une comédie agricole, et Marie-Line et son juge, dernier film de Michel Blanc sorti de son vivant. En 2024, il met en scène Aimons-nous vivants, où une passagère d'un train énergique croise son idole, une vedette de la chanson au bout du rouleau.